sanmu-skills

sanmu-skills

三木的科研 Agent Skills 合集

文档转换 · 文献精读 · 文献检索：把实际科研中沉淀的工作方法，整理成可安装、可复用的技能。

简体中文 · [English](README.en.md)

[技能一览](#技能一览) · [效果图览](#效果图览) · [安装](#安装) · [使用](#使用) · [参与贡献](#参与贡献)

技能一览

| 技能 | 一句话 | 适合的请求 |

| --- | --- | --- |

| [sanmu-doc2md](skills/sanmu-doc2md/README.md) | 把论文、教材、课件转成保留公式、高清图表和页码来源的 Markdown 知识库 | “把这本扫描教材按章转成 Markdown”“论文转 Obsidian 笔记，公式别乱” |

| [sanmu-paper-reader](skills/sanmu-paper-reader/README.md) | 精读论文和 SI，每个结论都能追回原文位置和实验条件 | “精读这篇，解释 Fig. 4”“比较这三篇的产氢性能能不能直接比” |

| [sanmu-paper-search](skills/sanmu-paper-search/README.md) | 从课题、论文或作者出发找文献，如实记录查了哪里、漏了什么 | “帮我找 FLP 光热产氢的论文”“这篇被撤稿了吗”“下载它的 SI 原图” |

三个技能可以单独用，也可以串起来：检索 → 拿到 PDF / SI → 转换 → 精读。任何一个没装，其余两个照常工作。

sanmu-doc2md

• 按文档类型选路：教材按章拆分，课件按讲次整理，论文独立成篇并与 SI 双向链接。
• 公式和图表不走样：全量 KaTeX 预检，图表优先取源文件原图，多面板碎图可回源重裁。
• 错了能追回去：保留原页页码，所有修正都写进带原值守卫的 repairs 文件，原始 OCR 不动。
• 接上 Zotero：同步元数据、阅读笔记和 PDF 批注，写入经官方 MCP 执行并回读确认。

sanmu-paper-reader

• 五种场景：单篇精读、跨文献比较、跨学科迁移、跨主题组织、知识库问答。
• 证据可追溯：每个论断记录原文位置、单位和工况，作者结论、你的解读、待验证假设分开写。
• 材料化学检查项：合成表征、催化电化学、DFT、光谱机理、性能比较，按论文实际内容挑选。
• 按需增强：图文对照、Mermaid 机理图、复现准备 SOP 草案、Benchmark 表、SI 定向检索。

sanmu-paper-search

• 多源检索：OpenAlex、Semantic Scholar、Crossref，可选 SciVerse（结构化文献、全文语义 RAG 与引文关系）、AI4Scholar（S2、Google Scholar、专利、PubMed）、Serper 和 Exa 语义补搜。
• 期刊分区与科研辅助：easyScholar 分区、IF、CCF 与预警标注；SciVerse Paper Schema 结构化论文剖析与复现材料包；AI4Scholar 科研绘图、矢量化和自动引文。
• 引文扩展与作者消歧：参考文献、施引文献、相似论文分开记录；同名作者用稳定 ID 与课题方向锚定。
• 全文、原文切片与 SI：Europe PMC 免 Key 获取 JATS 全文和补充材料原图包并核验撤稿与勘误；SciVerse 按 Unicode 码点偏移读取原文 Markdown 并提取正文高清原图。
• 如实报告：成功、零结果、截断、失败分开记录，不把“没查到”说成“不存在”。

效果图览

> 点击下方分类卡片展开查看高清实机截图与交互演示（共 32 张全景展示，涵盖图谱、检索、解析、精读及各宿主实机界面）：

🌌 关系图谱全景与时间轴分析 — 查看星系图谱全景、跨度20年引文网络与桥梁文献标记

1. 物理力导向星系图谱动态交互演示

> 基于 Obsidian 物理力场引擎构建，支持鼠标拖拽碰撞、弹性回弹、节点悬停实时预览文献题录元数据。

2. 年份演进时间轴动态交互演示

> 按发表年份横向展开文献脉络，纵向标定被引权重与层级，鼠标滑动实时高亮施引与参考文献流向。

3. 力导向星系静态全景与核心情报

> 中心种子文献辐射展开，自动发现识别「共被引基石文献」与「桥梁文献」，提供图谱核心情报统计。

4. 年份演进时间轴全景视图

> 清晰呈现 2004 至 2023 年跨度 20 年的引文脉络演进，直观把控课题技术发展历史。

🔍 多源学术文献检索与原位引文追溯（sanmu-paper-search） — 点击展开查看检索通道、原位抽屉与批次分析

1. 14+ 项拓展检索通道

> 支持 SciVerse 全文语义 RAG、谷歌学术、全球专利、PubMed、Semantic Scholar 全文片段及 Exa AI 语义检索。

2. 多源题录精确核验

> 跨 OpenAlex、Semantic Scholar、Crossref 实时校验真实题录，自动探测开放获取 (OA) 全文与可下载 PDF。

3. 检索结果卡片与中科院分区标注

> 集成 easyScholar 权威等级（中科院 1/2 区 TOP、JCR Q1、IF、预警标注）、AI 智能要点 (TLDR)、随手批注与课题标签。

4. 原位展开施引文献（最新追踪抽屉）

> 点击「施引」直接在当前卡片内联展开最新施引工作，不跳转页面、不丢失当前检索上下文，并自动同步至关系图谱。

5. 原位展开参考文献（向前溯源抽屉）

> 点击「参考文献」原位向前溯源基石文献，支持一键跨源补齐摘要、直接加入收藏篮或存入 Zotero。

6. 搜索历史记录与批次进阶分析

> 完整记录每次检索与追溯批次，支持勾选多条历史记录执行「去重合并 (Merge)」或「前后对比 (Diff)」。

📝 学术文档解析为 Obsidian 知识库（sanmu-doc2md） — 点击展开查看长篇教材切片、公式还原与顶刊入库

1. 从本机 Zotero 文库直接点选文档

> 自动读取本地 Zotero 分类目录与条目，带入完整题录元数据与本地 PDF/SI 附件，一键发起高精度解析。

2. 多种学术装配模式

> 支持科研论文双链装配、课件 slides 讲义重构、长篇教材 book 智能切片与章节重组。

3. 教材切片解析实机展示：《材料科学基础》

> 自动按章节拆分为独立笔记，提取晶体缺陷等高清矢量插图，形成整洁的 Obsidian 树状知识库。

4. 高难数学物理公式 100% 渲染：《物理化学》统计热力学

> 连乘、连加、微观状态数等复杂公式完美转为标准 LaTeX，全量通过 KaTeX 校验，无乱码伪影。

5. 工科高清工程图纸保留：《化工制图》

> 完美保留机械制图正投影等复杂几何图纸与全套标准数据表，支持 3 倍高清原图裁切。

6. 自动生成的知识库目录导航

> 自动生成包含书目信息、章节索引、插图统计与公式编译通过率的完整知识库导航页。

7. 顶刊论文解析入库效果：《Nature Machine Intelligence》

> 自动生成 Obsidian Properties 结构化题录、双向链接 SI 补充材料笔记，正文排版工整优雅。

📖 证据链文献精读与深度报告（sanmu-paper-reader） — 点击展开查看精读长文、机理图表与页码溯源

1. 对标同行评审标准的深度精读长文报告

> 自动补齐核心题录、催化机理剖析、光催化析氢速率严格 Benchmark 对比及对当前课题的直接启发。